El hecho de mayor trascendencia de la fauna en Ceuta es sin duda el paso migratorio de aves de Europa a África y viceversa a través del Estrecho. Es realmente espectacular observar la llegada a las costas ceutíes de aves rapaces y cigüeñas blancas, un acontecimiento sin parangón en toda Europa Occidental.
Como proceso en el que el Estrecho de Gibraltar actúa de punto de enlace, destaca el paso migratorio de aves que incluye una fase prenupcial y otra postnupcial, que origina el desplazamiento por este accidente y la concentración en sus orillas de cientos de miles de ejemplares pertenecientes a numerosas especies, entre las que destacan las rapaces, los cicónidos, los paseriformes y la Pardela cenicienta. En el caso concreto del territorio de Ceuta, se ofrecen unas cifras mínimas de 35.000 rapaces y cigüeñas durante la migración prenupcial y más de 50.000 durante la postnupcial.
Como consecuencia de esta riqueza y de la aplicación de la normativa comunitaria de protección de la naturaleza (Directiva Aves y Directiva Hábitat), ciertas zonas del territorio de la Ciudad de Ceuta se encuentran amparadas por unas figuras denominadas ZEPA (Zonas de Especial Protección para las Aves) y LIC (Lugares de Importancia Comunitaria).
En Ceuta existen dos ZEPA, una de las cuales se encuentra en el Monte Hacho, la denominada Acantilados de Monte Hacho, que cuenta con una superficie de 33 hectáreas. Su importancia se debe al elevado número de especies e individuos que la utilizan durante su migración, especialmente aves marinas invernando en el litoral. Por otra parte, el entorno del Monte Hacho se encuentra declarado como LIC, denominado Zona marítimo-terrestre del Monte Hacho, que incluye a la ZEPA de los acantilados, pero que se extiende hacia el mar. Cuenta con una superficie total de 871 hectáreas, con 33 en la superficie terrestre y 838 de superficie marina.
En el campo exterior de la Ciudad se encuentra el LIC y ZEPA denominado Calamocarro-Benzú, que cuenta con un total de 601 hectáreas. Su importancia como ZEPA se debe fundamentalmente al elevado número de aves que la utilizan durante su migración, especialmente rapaces y cigüeñas. Como LIC, los principales elementos que alberga son varias especies de murciélagos, la tortuga mora, el galápago leproso y hábitat tales como alcornocales, matorrales mediterráneos y bosques de ribera.
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